Początki kościoła sięgają XV wieku. Około 1461 roku w Dukli wzniesiono świątynię posiadającą murowane prezbiterium i drewnianą nawę. Była to budowla gotycka, która od XVI wieku pełniła funkcję kościoła parafialnego dla rozwijającego się miasta leżącego przy ważnym szlaku handlowym prowadzącym na Węgry. Przez niemal trzy stulecia kościół był duchowym centrum Dukli. Tragiczny moment nastąpił w 1738 roku, kiedy wielki pożar miasta poważnie uszkodził świątynię. Odbudowę rozpoczął marszałek wielki koronny Józef Mniszech, a następnie kontynuowali ją Jerzy Wandalin Mniszech i jego żona Maria Amalia z Brühlów. To właśnie dzięki ich fundacji kościół uzyskał obecny wygląd. Przebudowa prowadzona w latach 1742–1765 całkowicie odmieniła dawną gotycką budowlę, nadając jej reprezentacyjny charakter magnackiej fundacji. W kolejnych stuleciach świątynia wielokrotnie doświadczała zniszczeń. Pożary z 1810 i 1885 roku wymagały następnych remontów. Największe szkody przyniosła jednak II wojna światowa. Jesienią 1944 roku, podczas walk związanych z operacją dukielsko-preszowską, kościół znalazł się na linii frontu i został uszkodzony przez ostrzał artyleryjski. Po wojnie przeprowadzono szereg prac konserwatorskich, dzięki którym przywrócono dawny blask wyposażeniu i polichromiom. Szczególnie ważne były restauracje prowadzone w drugiej połowie XX wieku oraz na początku XXI stulecia.
Kościół został wzniesiony na planie wydłużonego prostokąta z węższym, trójbocznie zamkniętym prezbiterium. Charakterystycznym elementem bryły są dwie symetryczne kaplice boczne nakryte kopułami, które nadają świątyni monumentalny i zarazem elegancki wygląd. Fasadę cechuje umiar typowy dla późnego baroku, natomiast prawdziwe bogactwo ujawnia się dopiero po przekroczeniu progu świątyni.





